Il fusto, per adattarsi a particolari problemi ambientali, può presentare notevoli modificazioni. I fusti trasformati presentano forma e caratteristiche specifiche. Lo stolone è un fusto modificato che si può osservare nella fragola, esso staccandosi dalla pianta "madre" striscia sul terreno e dà origine ad una nuova piantina. Il rizoma è un fusto sotterraneo che assomiglia ad una radice, ma presenta foglie, gemme e radici avventizie (è il fusto tipico della gramigna).